南京市中医院成立于1956年，是南京中医药大学附属南京中医院、南京市中医药研究所、全国肛肠医疗中心，医院坐落在秦淮区大明路南部新城，是一所中医特色明显、中西医结合、集医疗服务功能和急救能力为一体的、具有中国传统文化特色的花园式、现代化大型三级甲等中医院。

占地面积约100亩，建筑面积30.7万㎡。医院现有编制床位1500张，在职职工1684人，其中高级卫技人员348人。全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师5人，省市级名中医41人，全国优才2人、省优才10人，江苏省中医药领军人才2人，南京中医药大学教授、副教授及讲师215人，硕博导师67人。设有临床及医技科室38个，其中国家级重点学科：中医肛肠病学，国家级重点专科7个;江苏省重点学科：中医脑病学，江苏省重点专科8个，南京市中医重点专科14个。全国名老中医工作室5个，省市名中医工作室23个。

设立院士工作站、南京市中医药现代化与大数据研究中心、江苏省研究生工作站、江苏省博士后创新实践基地、南京市中医药转化医学基地、南京市普外科临床医学中心、南京市医学重点实验室、南京市临床生物资源样本库。拥有国家级非物质文化遗产代表性项目：丁氏痔科医术，江苏省非物质文化遗产项目：“洪氏眼科”“金陵中医推拿术”;公开发行国际医学科技期刊2本(CADD、NACA)，与多名国医大师、国医名师达成合作意向，聘任美国加州大学、南京中医药大学等多位教授为客座教授;与美国、比利时等多所大学开展院校间科研、教学、人才培养全面合作。在全国率先创立多专业一体化诊疗平台。拥有院内自制制剂122种。目前，医院已经完成新址搬迁，医院始终坚持发展是第一要务，为建设一流区域诊疗中心和高水平临床研究型医院而奋力拼搏，为健康南京的美好明天不懈努力。

2021年6月，南京市中医院门技第二党支部被南京市委授予“南京市先进基层党组织”称号。
2022年1月，入选2019-2021年度江苏省文明单位候选名单。

乘车路线：

地铁：

1、乘坐地铁三号线至大明路站4号口出，在窨子山站上车，乘坐D8、703路、126路、46路、99路、27路至“南京市中医院”站下车。

2、乘坐地铁三号线至卡子门站4号口出，在城头城站上车，乘坐84路或116路至“南京市中医院”站下车。

公交：

公交84路、116路、118路、27 路、46路、99路、63路、126路、Y12路、Y17路、703、 D8至“南京市中医院”站下车。

驾驶路线：

导航直接搜索“南部新城医疗中心”，或“大明路157号”。